Cette page explique le laboratoire à quelqu'un qui n'y connaît rien. Treize sections, des schémas qui bougent, aucun prérequis — et, à la fin, ce que les résultats valent vraiment.
Environ 15 minutes de lecture. Chaque mot savant mène au lexique.
Ce travail ne donne accès à aucun traitement ni à aucun essai clinique, et il n'y a rien à vendre ici. Les patients du banc d'essai sont fabriqués ; les données réelles employées sont des travaux déjà publiés. Aucun chiffre de cette page ne dit quoi que ce soit sur un malade en particulier.
Si vous ou un proche êtes concernés par un cancer, la seule bonne adresse est votre équipe soignante.
Un laboratoire qui tourne entièrement sur un seul ordinateur, et qui pose une seule question : à partir de quel moment l'information n'est-elle plus dans les données ?
La question
Le laboratoire pose la même question à deux mondes très différents : des casse-têtes logiques, et la recherche de cibles dans une tumeur. C'est tout l'intérêt — si la méthode est bonne, elle doit tenir sur les deux.
LE CASSE-TÊTE
Ça ne se dégrade pas en pente douce : ça bascule d'un coup, comme l'eau qui gèle. On appelle ça une transition de phase, et personne ne sait vraiment pourquoi elle est là.
LA TUMEUR
Même forme de question : à partir de quelle dilution l'information n'est-elle plus dans les données ?
Ce laboratoire ne cherche ni à résoudre la grande question mathématique (P contre NP), ni à concevoir un traitement. Il construit un observatoire dont chaque chiffre puisse être revérifié par quelqu'un d'autre.
Le laboratoire est né du premier monde (des casse-têtes de satisfiabilité) et s'est déplacé vers le second. Le moteur n'a pas changé : fabriquer, mesurer, sceller, comparer.
Le geste fondateur
C'est le principe de base de toute cette recherche, et il tient en une soustraction. Sans lui, rien de ce qui suit ne serait possible.
On comparerait alors à un « humain de référence », c'est-à-dire à personne. On verrait des millions de différences, dont la quasi-totalité seraient de simples traits de famille. Impossible de distinguer « hérité, inoffensif » de « acquis par le cancer ». C'est pour cela que les deux prélèvements vont toujours par paire.
Ces erreurs acquises portent un nom : mutations somatiques (voir variant). « Somatique » veut simplement dire « survenue dans le corps au cours de la vie », par opposition à « héritée ». Elles ne se transmettent pas aux enfants.
La chaîne causale
Parce que c'est le seul niveau où la chaîne complète se calcule. Une lettre modifiée dans l'ADN se propage jusqu'à quelque chose que le corps peut reconnaître — et chaque maillon se déduit du précédent.
dans l'ADN de la tumeur
la protéine n'est plus la même
qui n'existe nulle part ailleurs
exposé à la surface de la cellule
et reconnaissent l'intrus
• Dire qu'un fragment existe uniquement dans la tumeur — donc
le viser sans toucher au tissu sain. C'est la définition même d'un
néoantigène.
• Calculer le fragment produit, puis s'il est présentable :
tout se déduit de la lettre changée.
• Compter : en relisant chaque position, on estime quelle
part de la tumeur porte le défaut
(VAF, CCF).
• C'est robuste et peu coûteux comparé à la mesure directe des protéines.
• Si le gène est réellement allumé. Un défaut dans un gène
éteint ne produit rien : il faut une autre mesure
(l'expression).
• Si le fragment sera vraiment montré à la surface :
l'apprêtement peut échouer à chaque
étape.
• Si les défenses réagiront. Être visible ne suffit pas :
il faut qu'un lymphocyte T CD8 réponde.
• Si le défaut est dans toute la tumeur ou dans un coin —
cela ne s'estime que, et c'est justement ce que le laboratoire mesure.
Voilà pourquoi, dans la vraie vie, la chaîne ne s'arrête presque jamais à l'ADN : il donne les candidats, pas le verdict. Chaque maillon suivant ajoute son incertitude — et c'est cette accumulation d'incertitude que ce laboratoire chiffre.
La provenance
C'est la question la plus importante de la page, et la réponse est en deux parties — dont une qui surprend toujours : la plupart des patients du banc d'essai n'existent pas.
Sur de vrais patients, personne ne connaît la bonne réponse. On ne peut donc pas savoir si une méthode a eu raison. Avec des patients inventés, la vérité terrain est connue d'avance : on mesure enfin ce que vaut la méthode.
Ce qu'on mesure vaut pour la méthode, pas pour la biologie. Aucun chiffre tiré de ces patients ne dit quoi que ce soit sur un vrai malade, et le simulateur peut lui-même être faux : la section 11 le détaille.
Le laboratoire exploite un génome humain réel : le don public de Sid Sijbrandij (ostéosarcome), sous licence CC0. Des résultats publiés en viennent — ils sont signalés comme tels, et toujours séparés de ceux qui viennent du simulateur. Mélanger une simulation et une donnée réelle, c'est se mentir avec des chiffres exacts. Détail en section 12.
Ce qui est réel : le catalogue des protéines humaines, les 15 types de tumeurs et leurs ordres de grandeur, les mécanismes simulés (dilution, bruit de lecture, gènes éteints), et un génome d'ostéosarcome. Ce qui est inventé : les patients de cohorte eux-mêmes — 450, 450 autres, puis 2 250.
La méthode
Neuf étapes, toujours dans le même ordre. Chacune dit ce qui entre, ce qui sort, et ce qui l'empêche de mentir — c'est cette troisième colonne qui fait la différence entre un protocole et un simple mode d'emploi.
une hypothèse, et ce qu'on s'attend à trouver
une prédiction horodatée dans le registre
🛡️ Impossible de la réécrire après avoir vu les données. 73 critères ont été scellés à l'avance : 52 ont été tenus, 21 démentis — et les démentis sont publiés comme les autres.
une graine de départ + un des 15 types de tumeur
un patient complet, dont on connaît TOUTE la vérité
🛡️ Même graine, même patient, sur n'importe quelle machine — vérifié par un test.
le patient, une pureté de biopsie, un nombre de relectures
ce que la machine aurait réellement lu — bruit compris
🛡️ Des défauts réels disparaissent ici, exactement comme dans la vraie vie. C'est voulu : un simulateur qui ne perd rien ne simule rien.
les lectures simulées
un fichier au format standard du domaine
🛡️ Un test vérifie qu'aucune vérité cachée ne fuit dans le dossier. Sinon tout serait truqué sans que personne le voie.
le dossier observé, et rien d'autre
une liste courte de cibles, classées
🛡️ Il ne voit jamais la vérité. Il travaille exactement comme sur un vrai patient.
les mêmes patients, plusieurs stratégies
des listes comparables, dont une tirée au hasard
🛡️ Le témoin au hasard n'est pas décoratif : sans lui, on ignore si les autres servent à quelque chose.
les listes + la vérité scellée
un compte : qui a trouvé, qui a raté
🛡️ C'est le seul moment où la vérité ressort. Jamais avant.
les comptes de réussite
ce qui tient, ce qui ne tient pas, et de combien
🛡️ Fourchettes tirées sur les patients · correction du « trop de questions » · test par mélange · puis réplication sur des données neuves.
les résultats publiés
un journal, et une alerte si un chiffre ne tient plus
🛡️ Le contrôleur recalcule chaque chiffre annoncé : 57 passages à ce jour. Il en a déjà pris un en défaut, de 5 points.
On scelle avant de calculer les statistiques, et on regarde la vérité après avoir cherché. Inverser l'un ou l'autre, même de bonne foi, suffit à fabriquer un résultat qui n'existe pas. La plupart des erreurs corrigées dans ce laboratoire venaient d'un ordre inversé.
Les étapes 2 à 7 tournent des dizaines de milliers de fois, avec toutes les combinaisons de pureté et de relectures. C'est ce volume qui permet de tracer un seuil au lieu de donner un avis.
La boucle
Le laboratoire travaille tout seul. Une boucle tourne en permanence et reprend au début à chaque fois, en ayant retenu le tour précédent.
Un problème est tiré au sort
Une machine cherche la solution
Le résultat est scellé, définitif
Des capteurs cherchent les bizarreries
On cherche où elles se concentrent
L'humain tranche : utile ou pas
À chaque tour, l'outil compare son état à celui du tour d'avant et se donne une note : vertueux (il s'est amélioré), neutre, ou régression (il a cassé quelque chose). Une régression est affichée, pas enterrée.
1 417 campagnes de mesure · 29 phases de « rêve » · 57 passages du contrôleur · 89 090 anomalies signalées. Ces quatre nombres sont comptés dans la chaîne scellée, pas saisis à la main.
Tout se passe sur cet ordinateur. Rien n'est envoyé nulle part, aucun compte, aucun service en ligne — une fois le catalogue de protéines téléchargé, la prise réseau peut être débranchée : un test de la suite échoue au moindre accès réseau.
L'inviolabilité
Chaque mesure est un maillon scellé. Chaque maillon porte l'empreinte du précédent. Retoucher une vieille ligne casse toute la suite — et ça se voit tout de suite.
Si quelqu'un modifie la mesure 2 après coup, les empreintes 3, 4 et 5 ne correspondent plus. L'outil affiche « registre cassé » : il ne peut pas se mentir sur son propre passé.
Au 11 octobre 2026, la chaîne compte 629 238 maillons et le recalcul complet les a tous validés : aucune rupture, aucun résultat retouché après coup. Empreinte de tête : 05346f2e5b11…e813b6. Le même calcul, relancé par quelqu'un d'autre sur la même base, doit redonner exactement cette empreinte — sinon la base a changé.
Même mécanisme que celui des chaînes de blocs, appliqué à un carnet de laboratoire (voir registre). Il sert aussi à sceller une prédiction avant de regarder les données (préenregistrement) : impossible, ensuite, de prétendre qu'on l'avait prévu.
Les sorties
Trois formes de résultats, et pas une de plus.
① UNE COURBE
« Au-delà d'ici, ça s'effondre. » Un seuil, avec sa marge d'erreur.
② UN CLASSEMENT
« Cette façon de faire bat celle-là, de tant. » Toujours avec un témoin tiré au hasard.
③ UNE RÈGLE
Une phrase que la machine propose — et que quatre contrôles doivent laisser passer.
Et une quatrième sortie, plus rare et plus précieuse : « on n'a rien trouvé ». La machine à hypothèses a le droit de revenir les mains vides, et c'est souvent la bonne réponse.
Les résultats
364 006 problèmes fabriqués, résolus et scellés à ce jour — compté dans le registre le 11 octobre 2026. Voici les résultats qui ont survécu aux contrôles, ce qu'ils veulent dire en clair, et ceux qui ont corrigé le laboratoire lui-même.
✓ RÉSULTAT 1 — Chercher intelligemment paye, et ça se reproduit
De combien la méthode combinée bat-elle le tirage au hasard ? Mesuré trois fois, sur trois groupes de patients différents — dont deux qui n'existaient pas encore quand la méthode a été mise au point.
Les trois barres vont dans le même sens : c'est ça, une réplication. L'écart varie, le sens jamais. ⚠️ C'est pourquoi on annonce un écart (« bat de tant ») et jamais un niveau (« réussit dans tant de cas ») : le niveau, lui, ne se reproduit pas.
Battre le hasard, oui, partout. Mais battre le meilleur indice isolé : non. La méthode combinée le dépasse de 6,6 points sur la première cohorte, et passe 4,2 points en dessous sur la cohorte dite réaliste — où c'est une stratégie fondée sur la clonalité estimée qui domine, de 13,9 points. Même chose sur la cohorte de réplication (−4,0 points pour la combinée, +12,5 pour la clonalité). Le gagnant change avec le jeu de données. C'est écrit ici parce que c'est le résultat le plus inconfortable de la liste.
✓ RÉSULTAT 2 — La loi des deux boutons
Une biopsie pauvre relue très souvent vaut une biopsie riche relue normalement. Les deux courbes se superposent : seul leur produit compte. Au-delà d'environ 8, relire plus n'apporte plus rien (la loi pureté × profondeur).
✓ RÉSULTAT 3 — Un plafond qu'aucune méthode ne franchit
Pour ceux-là, aucune stratégie ne peut réussir — il n'y a rien à trouver. Ce n'est pas un échec de la méthode, c'est une limite du patient. Mesuré à 23 % sur la première cohorte, 21 % sur les deux autres.
✓ RÉSULTAT 4 — Les règles trouvées « en rêvant » se redécouvrent
La machine à hypothèses propose des règles du genre « au-delà de telle pureté, ça marche tant de fois mieux ». Redécouvertes séparément, sur des groupes différents, elles retombent sur des seuils quasi identiques — et celles qui ne se retrouvaient pas ont été retirées, pas gardées.
✓ RÉSULTAT 5 — Les programmes qui prédisent les cibles ne sont pas d'accord entre eux
Trouvé en allant lire le fichier brut au lieu de son résumé. Sur les 628 cibles distinctes d'un vrai patient d'ostéosarcome (12 420 lignes de mesure), huit programmes estiment chacun la même chose : la force d'accrochage d'un fragment. Ils devraient tomber d'accord.
⚠️ Ce chiffre corrige le laboratoire lui-même. Son simulateur suppose une erreur de prédiction d'un facteur 3. La réalité mesurée est plus dure — et personne ne le voyait, parce que l'écran n'affichait qu'une valeur moyenne. 📏 Une moyenne cache exactement ce qu'on avait le plus besoin de savoir : de combien les mesures divergent.
Pour retenir une cible, l'usage est de garder la meilleure des huit estimations. Or garder le meilleur de huit mesures bruitées, c'est retenir celle qui s'est le plus trompée dans le bon sens. Mesuré sur les 100 premières cibles :
Changer la façon d'agréger change la moitié de la liste de cibles. 📏 Classer par le minimum, c'est classer par le bruit autant que par le signal — et aux extrêmes, le bruit gagne.
Le résultat 6 était inquiétant. Sur des cibles réelles, impossible de savoir s'il l'était vraiment : on ignore quelles cibles étaient les bonnes. Alors l'expérience a été refaite sur les patients inventés, dont on connaît la réponse — huit programmes simulés, avec le désaccord exact mesuré sur le réel.
• Garder la meilleure des huit, ou celle du milieu, ou n'en consulter qu'une :
les trois font jeu égal (0,3 point d'écart). Toujours, y compris avec
un désaccord dix fois pire que le réel.
• Et surtout : même un classement parfait, qui connaîtrait la
vraie valeur, ne gagnerait que 1,8 point de plus qu'un seul
prédicteur consulté au hasard.
Ce que ça veut dire : la force d'accrochage
n'est pas le goulot. Une cible utile doit aussi être présente dans toute la tumeur, et
le gène doit être allumé. Améliorer la mesure d'accrochage ne peut donc pas rapporter
gros — le plafond est ailleurs.
⚠️ Et cela corrige la page elle-même :
le résultat 6, publié une heure plus tôt dans le logiciel, sonnait l'alarme. La mesure
dit qu'elle était trop forte. C'est écrit ici plutôt que retiré en silence.
📏 Un désaccord spectaculaire n'est pas forcément un désaccord coûteux. La
seule façon de le savoir est de mesurer ce qu'il change.
Elles ne se retrouvaient pas sur des données neuves. Elles ont été effacées des conclusions, et l'erreur est écrite noir sur blanc dans le bilan critique, avec sa correction. Un observatoire qui n'aurait jamais rien retiré serait le plus suspect des deux.
Tous les chiffres ci-dessus viennent du jeu d'affirmations que le contrôleur recalcule à chaque passage : s'ils cessaient d'être vrais, ils seraient signalés. ⚠️ Ils ont été relevés le 11 octobre 2026 ; un chiffre affiché à deux endroits finit toujours par être faux à l'un des deux — c'est pourquoi celui-ci est daté.
La lecture
Ces quatre réflexes sont ceux de l'outil lui-même. Ce sont aussi les quatre façons dont il s'est trompé avant de les adopter.
« Cette méthode bat le hasard de 13,6 points » tient. « Cette méthode réussit dans 39 % des cas » ne tient pas — ce niveau change d'une cohorte à l'autre. On ne publie que des écarts.
Tout résultat vient avec un intervalle de confiance. Si deux fourchettes se chevauchent largement, les classer revient à ordonner du bruit.
Poser 105 questions à 5 % de risque, c'est s'attendre à ~5 fausses trouvailles même si tout est plat. L'outil corrige ce compte (Benjamini-Hochberg) — sans cette correction, il inventait des dizaines de découvertes dans du pur bruit.
Un résultat trouvé une fois est une piste. Retrouvé sur des données neuves jamais vues, c'est un résultat. Attention aussi à la pseudo-réplication : vingt analyses d'un même patient ne font pas vingt patients.
Un cinquième réflexe vaut pour cette page-ci : regardez la date. Un chiffre sans date est une affirmation sans adresse.
Les garanties
La question qu'il faut poser à tout outil de ce genre. Voici la réponse, dans les deux sens — et la colonne de droite a été écrite avant celle de gauche, volontairement.
• Tout est recalculable. Chaque chiffre affiché peut être refait
depuis les données brutes, scellées.
• Battre le hasard se reproduit sur trois groupes de patients
indépendants, dont deux postérieurs à la mise au point de la méthode.
• 52 critères sur 73, scellés avant de regarder, se sont
vérifiés — et les 21 démentis sont publiés.
• Un contrôleur automatique recalcule les chiffres publiés et
signale ceux qui ne tiennent plus. 57 passages à ce jour.
• Une chaîne de 629 238 maillons, revérifiée intégralement,
et 403 tests automatisés tous verts au dernier passage complet
(11/10/2026) qui gardent le tout.
• Aucune valeur médicale. La plupart des patients sont
inventés : rien ici ne dit quoi que ce soit sur un vrai malade.
• Aucune mesure de la capacité à bien classer sur patients réels.
Les verdicts par patient sont sur le disque, mais le banc ne les a pas encore
lus (section 12). Tant que ce jalon n'est pas franchi, toute affirmation d'ici
sur « savoir bien classer » est non vérifiée.
• Les niveaux absolus ne tiennent pas d'un jeu de données à
l'autre, et le classement des stratégies non plus : le gagnant change.
• Le simulateur peut être faux. Il suppose une erreur de
prédiction d'un facteur 3 ; la mesure sur données réelles donne un écart
médian de ×5,2 entre prédicteurs. La réalité est plus dure que
le modèle, et tout ce qui découle du modèle en hérite.
• Le contrôleur n'attrape pas tout : il voit un chiffre
faux, pas une interprétation fausse d'un chiffre juste.
Quand une mesure dit « 47,9 % », elle dit exactement ceci : le panel contient au moins une cible pertinente. Elle ne dit pas « un vaccin qui fonctionne », ni « 47,9 % des patients guériraient ». La nuance est tout l'écart entre un banc d'essai et une promesse.
Ce 47,9 % est d'ailleurs un chiffre corrigé à la baisse : le critère d'évaluation précédent annonçait 91,3 %. Il a été jugé trop généreux, et c'est la valeur basse qui est conservée — 43 points de moins, trouvés par une mesure du laboratoire contre lui-même.
C'est un banc d'essai pour méthodes, pas un outil de diagnostic. Il fabrique des patients dont il connaît la réponse, pour mesurer honnêtement ce que valent les façons de chercher — et il est construit pour rendre le mensonge, y compris le sien, visible.
Un outil qui se présente par ses réussites est une plaquette ; un outil qui se présente par ses limites est un instrument. 📏 L'interface n'a jamais le droit d'affirmer plus que ce qui est mesuré.
La traçabilité
Un résultat ne vaut que ce que vaut sa source. Voici chaque source, qui la paye, comment on peut aller la vérifier soi-même, si elle est réellement lue par le programme — et ce qu'elle ne promet pas.
Le Cancer Epitope Database and Analysis Resource : le catalogue des cibles tumorales déjà testées en laboratoire, épitope par épitope. Il apporte des essais sur lymphocytes T (un lymphocyte a-t-il réagi ?), des mesures de liaison au HLA, et de la spectrométrie de masse : la preuve directe qu'un peptide est réellement présenté à la surface d'une cellule, et pas seulement prédit comme présentable.
Ce que ça ne dit pas : Elle n'est pas branchée. Vérifié par recherche exhaustive le 11/10/2026 : aucun module du cœur ni des outils ne lit le chemin déclaré pour CEDAR, et aucune des 98 affirmations du laboratoire n'a de recette qui le touche. Les fichiers sont sur le disque, le chemin est dans la configuration, et c'est tout. 📏 Déclarer un chemin n'est pas lire un fichier ; télécharger n'est pas brancher. Et même branchée, elle ne donnerait qu'une vérité cible par cible, pas le classement des cibles d'un patient.
Le seul juge possible d'un classement de cibles : des patients réels dont on connaît, cible par cible, le verdict de laboratoire. Republié en licence libre, avec les descripteurs déjà calculés, par l'équipe de Lausanne — Müller, Bassani-Sternberg et al., Immunity 2023.
master) · licences CC BY 4.0 (mutations) et GPL (néo-peptides).Ce que ça ne dit pas : Le lecteur est écrit et testé, mais aucun calcul ne s'en sert encore. Du code que rien n'appelle ne change aucun résultat : tant que ce jalon n'est pas franchi, ce laboratoire n'a aucune mesure de sa capacité à bien classer. Et il faut le dire deux fois : les séquençages bruts des patients (environ 350 Go de fichiers FASTQ) sont réidentifiants, restent derrière l'accréditation de leur dépôt d'origine et ne sont pas ici. Ce qui est employé, ce sont des tables dérivées : cible → patient → verdict.
Un génome humain réel et complet, donné publiquement par le patient lui-même via la Rare Cancer Research Foundation. C'est la seule donnée réelle qui porte aujourd'hui des chiffres publiés par ce laboratoire.
Ce que ça ne dit pas : Un patient n'est pas une cohorte. Ce génome permet de mesurer le désaccord entre prédicteurs sur des cibles réelles ; il ne permet pas de savoir lesquelles étaient les bonnes, puisque personne ne les a testées sur ses propres lymphocytes. C'est précisément le trou que les matrices harmonisées combleront, le jour où elles seront branchées.
Le catalogue des protéines humaines normales : environ 20 000 entrées, 7,5 Mo compressés, téléchargés une fois pour toutes.
Ce que ça ne dit pas : Un catalogue n'est pas une mesure. Il dit ce qui existe chez l'humain sain, pas ce qui est allumé chez ce patient-là.
Un réseau de neurones spécialisé — pas un modèle de langage — qui prédit l'affinité d'un peptide pour une molécule HLA. Exécuté localement, hors ligne.
Ce que ça ne dit pas : Il prédit, il ne mesure pas. Voir la fiche du lexique et le résultat 5 : huit programmes du même genre divergent d'un facteur 5 en médiane.
Les séquences par transcrit et une courte liste de gènes associés au cancer.
Ce que ça ne dit pas : Rien de garanti sans eux, et rien de caché non plus.
Une base académique riche en cibles qui n'ont rien donné — les ratés, qu'on publie rarement.
Ce que ça ne dit pas : Devenue un complément de vérification croisée, pas une nécessité : l'export CEDAR fournit déjà cinq fois plus de résultats négatifs à lui seul.
Deux autres catalogues de cibles tumorales.
Ce que ça ne dit pas : Les citer serait allonger la liste des sources sans rien ajouter à la preuve.
Une règle apprise à ses dépens : un banc d'essai dont la vérité vient du modèle testé flatte toujours ce modèle. Deux sources extérieures devraient régler ce problème — un catalogue d'essais réels, et des verdicts par patient. Les deux sont sur le disque ; au 11 octobre 2026 à 23 h, une seule est lue par le banc : les verdicts par patient, depuis lesquels une première mesure a été faite (8 patients, 34 cibles reconnues sur 736 — les quatre façons de classer battent le tirage au hasard de +11 à +14 cibles dans les vingt premières places). Le catalogue d'essais réels, lui, reste récupéré sans être lu.
Conséquence, écrite sans adoucissement : aujourd'hui, les résultats de la section 9 qui comparent des stratégies reposent sur des patients simulés, plus un génome réel qui ne dit pas qui avait raison. Toute affirmation sur « savoir bien classer » reste une affirmation non vérifiée, et doit être lue comme telle jusqu'à ce que cette page dise le contraire — avec sa date.
Aucune source n'est citée ici sans qu'on puisse la retrouver seul : un financeur, une licence, un identifiant PubMed ou un DOI. Une source qu'on ne peut pas aller vérifier soi-même n'est pas une preuve, c'est une signature de confiance — et la confiance n'est pas une méthode.
L'outillage
Que des briques libres et gratuites. Aucun abonnement, aucun compte, aucun service en ligne.
Un seul téléchargement au départ. Ensuite, plus rien ne sort ni n'entre : un test de la suite échoue au moindre accès réseau.
Pas de statistiques d'usage, pas de nuage, aucun modèle d'IA distant. Tout le calcul se fait sur la machine.
Même graine de départ, mêmes patients, mêmes résultats — sur n'importe quelle machine.
Un petit modèle (Qwen 2.5 7B, via Ollama, sur la machine, sans réseau, désactivé par défaut) ne sert qu'à mettre en phrases le carnet de bord. Aucun chiffre, aucun résultat, aucune décision scientifique ne passe par lui. S'il ne répond pas, le texte brut est publié tel quel. Le code du laboratoire, lui, a été écrit en binôme avec un assistant d'IA — c'est dit parce que ça fait partie de la méthode, et parce que chaque résultat reste vérifiable indépendamment de la façon dont le code est né.
Et ce site-ci : du HTML et du CSS, pas une ligne de script, pas une ressource extérieure. Les schémas que vous venez de voir sont du SVG écrit dans la page. C'est la seule preuve solide qu'il ne peut pas vous suivre.
Pour aller plus loin
Trois dépliants. Ils s'ouvrent sans script — c'est du HTML, rien d'autre.
Chacun de ces six garde-fous est né d'une erreur réellement commise par cet outil, puis corrigée. C'est pourquoi ils sont là, et pourquoi ils sont testés.
| # | Le garde-fou | L'erreur qu'il empêche |
|---|---|---|
| 1 | Correction de multiplicité Benjamini-Hochberg | La machine à hypothèses inventait des dizaines de règles dans du bruit pur. |
| 2 | Test par permutation | Une « découverte » qui survit à des données mélangées ne venait pas des données. |
| 3 | Fourchettes tirées sur les patients | Vingt analyses d'un même patient comptaient pour vingt patients : les fourchettes étaient fausses. |
| 4 | Réplication sur données neuves | Deux conclusions ont été retirées parce qu'elles ne se retrouvaient pas. |
| 5 | Prédictions scellées à l'avance | Interdit de relire un résultat connu en prétendant l'avoir prévu. |
| 6 | Contrôleur automatique des chiffres publiés | Un chiffre a été annoncé sans avoir été mesuré ; il était faux de 5 points. |
Est-ce que ça sert à soigner quelqu'un ?
Non. Aucun chiffre de cet outil ne dit quoi que ce soit sur un vrai malade. C'est un banc d'essai pour méthodes, comme on teste un thermomètre dans un bain dont on connaît déjà la température. Il ne remplace aucun médecin et ne donne accès à aucun essai clinique.
Alors à quoi ça sert ?
À mesurer honnêtement ce que valent des façons de chercher — et à quel moment elles cessent de fonctionner. Ce genre de mesure est impossible sur de vrais patients, puisqu'on n'y connaît jamais la bonne réponse.
Est-ce que c'est de l'intelligence artificielle ?
Très peu, et jamais pour produire les résultats. Un petit modèle apprend des jugements humains pour pré-trier les bizarreries à regarder, et un autre met le carnet de bord en phrases. Tout le reste est du calcul et des statistiques classiques. Rien n'est « généré » : chaque chiffre est calculé, et recalculable.
Est-ce que mes données partent quelque part ?
Non. Le laboratoire ne contient aucune donnée personnelle et ne fait aucune connexion sortante après le téléchargement initial du catalogue de protéines. Et ce site-ci n'exécute aucun script : voir la politique de confidentialité.
Combien de temps ça tourne ?
En continu. 364 006 problèmes ont déjà été fabriqués, résolus et scellés, dans une chaîne de 629 238 maillons — comptés le 11 octobre 2026.
Et si l'outil se trompe ?
C'est prévu — il s'est déjà trompé plusieurs fois, et chaque erreur est écrite noir sur blanc dans son bilan critique, avec la correction. Trois exemples sont dans cette page même : le critère retombé de 91,3 % à 47,9 %, les deux conclusions retirées, et le résultat 7 qui dégonfle l'alarme du résultat 6. Un observatoire qui n'aurait jamais publié ses propres erreurs serait le plus suspect des deux.
Pourquoi un chiffre de cette page serait-il faux demain ?
Parce qu'un chiffre affiché à deux endroits finit toujours par être faux à l'un des deux. Cette page est écrite à la main : tous ses chiffres portent la date de leur relevé — le 11 octobre 2026. S'ils cessent de bouger alors que le laboratoire continue, c'est la page qu'il faut soupçonner, pas le laboratoire.
Chaque mot savant de ce laboratoire est expliqué sans autre mot savant dans le lexique — 68 entrées, fabriquées à partir du lexique du programme, donc impossibles à faire diverger.
Les plus utiles pour cette page : néoantigène · épitope · HLA · lymphocyte T CD8 · pureté · profondeur · clonalité · vérité terrain · registre · préenregistrement · banc d'essai · transition de phase.
Attributions
Les licences CC BY 4.0 et GPL n'autorisent la réutilisation qu'à condition de citer. Ce n'est pas une politesse : c'est la contrepartie du droit d'employer ces données.
Ne soigne personne, ne remplace aucun médecin, ne donne accès à aucun traitement ni à aucun essai clinique. Les taux lus sur cette page veulent dire « le panel contient au moins une cible pertinente », jamais « un vaccin qui marche ».