Les 68 mots du laboratoire, en français simple. Chacun n'est défini qu'une seule fois : cette page est fabriquée à partir du lexique du programme, elle ne peut donc pas en diverger.
Tout le trajet qui amène un morceau de protéine jusqu'à la surface de la cellule.
La protéine est découpée à l'intérieur de la cellule, les morceaux sont transportés, puis chargés sur une molécule HLA qui les présente dehors. Une cible peut échouer à chacune de ces étapes : bien prédire l'accrochage au HLA ne suffit pas à garantir qu'elle sera montrée.
aussi écrit : apprêté, apprêtée, présentation HLAvoir aussi : HLA · Lymphocyte T CD8
Une erreur qui penche toujours du même côté, au lieu de se compenser en moyenne.
Le bruit au hasard s'annule quand on empile les mesures ; un biais, non — il se cumule. C'est pourquoi il est testé séparément.
La part RÉELLE des cellules tumorales qui portent la mutation.
C'est la vérité que la VAF tente d'estimer. Proche de 1 : la mutation est présente dans presque toute la tumeur (clonale) — bonne cible. Beaucoup plus bas : elle n'est que dans un coin (sous-clonale), et la viser laisse le reste intact. ⚠️ Dans la vraie vie on ne la connaît jamais. Ici on la connaît, parce que les patients sont simulés — c'est tout l'intérêt du banc d'essai.
aussi écrit : fraction de cellules cancéreusesvoir aussi : VAF · Vérité terrain
La base publique des cibles tumorales déjà testées en vrai laboratoire, une par une.
Cancer Epitope Database and Analysis Resource, financée par le NCI, licence CC BY 4.0. 156 403 essais, dont 87 899 qui n'ont rien donné : une base qui garde ses échecs permet de mesurer les erreurs d'une méthode, pas seulement ses réussites. Elle donne une vérité cible par cible, jamais le classement complet d'un patient.
aussi écrit : Cancer Epitope Databasevoir aussi : NeoRanking (TESLA · NCI · HiTIDE) · Vérité terrain
Le nombre de mutations par million de lettres d'ADN — à quel point la tumeur est « abîmée ».
Très variable selon le type : une leucémie en compte très peu, un mélanome ou un colorectal MSI énormément. Plus il y en a, plus on a de chances qu'une soit visible par les défenses.
aussi écrit : TMB, charge mutationnelle tumoraleUne mutation est clonale si toute la tumeur la porte, sous-clonale si une partie seulement.
Viser une mutation sous-clonale, c'est traiter une fraction de la tumeur et laisser le reste repartir. D'où son poids dans le score composite.
aussi écrit : clonal, clonale, sous-clonal, sous-clonalevoir aussi : CCF
À quel point le gène muté est réellement fabriqué par la cellule.
Une mutation dans un gène éteint ne produit aucune protéine, donc aucune cible — même si elle est parfaite sur le papier. ⚠️ C'est souvent la donnée manquante dans la vraie vie.
Les « présentoirs » de chaque personne : ils exposent des fragments à la surface des cellules.
Chacun hérite d'un jeu différent, et chaque présentoir n'accepte pas les mêmes fragments. Une même mutation est donc visible chez une personne et invisible chez une autre.
aussi écrit : HLA-A, HLA-B, HLA-C, CMH, MHC, classe IL'autre famille de molécules de présentation, qui parle aux lymphocytes CD4 plutôt qu'aux CD8.
La classe I présente de courts morceaux à la cellule tueuse ; la classe II présente des morceaux plus longs aux cellules qui organisent la réponse. Les deux comptent pour un vaccin, et elles ne se prédisent pas avec les mêmes modèles.
aussi écrit : classe II, CD4voir aussi : HLA
La force d'accrochage entre un fragment et un présentoir. PLUS C'EST BAS, MIEUX C'EST.
Sous 500 nM, on considère que ça s'accroche ; sous 50 nM, que ça s'accroche fort. ⚠️ L'échelle est inversée par rapport à l'intuition : un « bon » IC50 est un petit nombre.
aussi écrit : affinité, affinité de liaisonvoir aussi : MHCflurry
Ce qui compte n'est pas la pureté seule ni la profondeur seule, mais leur produit.
Au-dessus d'environ 8, les courbes se superposent : une biopsie pauvre relue très profondément vaut une biopsie riche relue normalement. C'est le résultat le plus solide du laboratoire, retrouvé sur deux cohortes indépendantes.
aussi écrit : pureté × profondeurLa cellule tueuse du système immunitaire : celle qui doit reconnaître la cible et détruire la cellule tumorale.
Elle ne voit pas l'intérieur d'une cellule : elle inspecte ce que la cellule expose à sa surface, via le HLA. Un essai « CD8 positif » veut dire qu'un lymphocyte de ce patient a réellement réagi à ce peptide-là — c'est la preuve la plus directe qu'une cible fonctionne.
aussi écrit : CD8, lymphocyte T, lymphocytes T, cellules Tvoir aussi : HLA · Apprêtement
Le modèle libre qui prédit l'IC50 d'un fragment. Il prédit — il ne mesure pas.
Sa marge d'erreur est d'environ un facteur 3. Un classement de cibles fondé sur lui hérite de cette imprécision : c'est justement ce que le banc d'essai chiffre.
voir aussi : IC50 · Biais du prédicteur
MSI : le système de relecture de l'ADN est en panne, les mutations s'accumulent. MSS : il marche.
Un colorectal MSI porte des dizaines de fois plus de mutations qu'un MSS — et donc bien plus de cibles possibles.
aussi écrit : MSI, MSS, instabilité microsatellitaireLes verdicts immunitaires de vrais patients, republiés avec leurs variables déjà calculées.
Müller et al., Immunity 2023. C'est la vérité de classement par patient : parmi les cibles d'un malade donné, lesquelles ont réellement été reconnues. TESLA y compte 34 positifs pour 702 négatifs sur huit patients. ⚠️ Dans ce laboratoire, ces fichiers sont obtenus et pas encore branchés : aucun chiffre affiché ne s'appuie dessus.
aussi écrit : TESLA, HiTIDEvoir aussi : CEDAR · Vérité terrain
Un petit morceau de protéine déformé par la mutation, que les défenses peuvent reconnaître.
C'est la cible recherchée : il n'existe que dans la tumeur, donc le viser n'attaque pas le tissu sain.
aussi écrit : néoantigènes, néo-antigèneLa courte liste de cibles retenues pour un patient — typiquement une dizaine.
Toute la question du banc d'essai : ce panel contient-il au moins une vraie cible ?
Un fragment de protéine, ici de 8 à 11 acides aminés — la taille que le système immunitaire lit.
aussi écrit : peptidesCombien de fois chaque position de l'ADN a été relue par la machine.
Relire davantage réduit le bruit. 100× signifie « chaque lettre lue cent fois ». C'est le second bouton, avec la pureté — et les deux se compensent.
aussi écrit : profondeur, couverturevoir aussi : Loi pureté × profondeur
Le catalogue de toutes les protéines normales d'un être humain — le filtre du « soi ».
Il sert à écarter les faux néoantigènes : un peptide muté qui existe déjà tel quel ailleurs dans le corps serait reconnu comme soi, donc ignoré par les défenses — ou pire, ciblé, ce qui attaquerait du tissu sain. Source : UniProt / Swiss-Prot, ≈ 20 000 protéines.
aussi écrit : protéome, filtre du soivoir aussi : Néoantigène
La part de vraies cellules tumorales dans le morceau prélevé ; le reste est du tissu sain.
Une biopsie n'est jamais 100 % tumeur. À 5 % de pureté, les mutations se noient dans le bruit et aucune stratégie ne fait mieux que le hasard : l'information n'est plus dans les données. C'est une limite physique, pas un défaut de méthode.
aussi écrit : pureté tumoralevoir aussi : Profondeur de séquençage · Loi pureté × profondeur
L'empreinte laissée par la cause des mutations : soleil, tabac, réparation en panne…
Chaque cause abîme l'ADN à sa manière. Les ultraviolets produisent surtout des C>T ; le tabac un autre profil. Le simulateur applique ces empreintes pour que les tumeurs ne soient pas du bruit uniforme.
aussi écrit : signatures, UV, APOBEC, POLEUn vaccin fabriqué pour UN patient, à partir des mutations de SA tumeur.
Il n'empêche pas d'attraper la maladie : il apprend aux défenses à reconnaître une tumeur déjà là. On lui donne quelques morceaux de protéines qui n'existent que dans cette tumeur (les néoantigènes), et le système immunitaire s'en sert de portrait-robot. C'est pour cela que tout le laboratoire tourne autour d'une seule question : parmi des centaines de cibles possibles, lesquelles mettre dans le vaccin ?
aussi écrit : vaccin, vaccin anticancer, vaccin personnalisévoir aussi : Néoantigène · Panel · Épitope
La part des lectures d'ADN qui portent la mutation, à cet endroit précis.
C'est ce qu'on observe, avec son bruit. Elle dépend autant de la quantité de tumeur dans l'échantillon que de la mutation elle-même : une VAF basse peut signifier « mutation rare » aussi bien que « échantillon dilué ».
aussi écrit : fréquence alléliqueUne lettre de l'ADN qui diffère, dans la tumeur, de celle du tissu sain du même patient.
C'est la matière première : chaque variant est un candidat pour devenir une cible.
aussi écrit : variants, mutation somatique, mutationsLe format de fichier standard qui liste les variants d'un patient.
Le simulateur écrit du vrai VCF, relu par le vrai lecteur : aucune voie de faveur dans le circuit. Et il ne contient que de l'observé — jamais la vérité cachée.
Un variant qui remplit vraiment toutes les conditions : clonal, exprimé, bien présenté, immunogène.
Connu seulement parce que les patients sont simulés. Environ un patient sur cinq n'en a aucune — et pour celui-là, aucune stratégie ne peut réussir. C'est un plafond, pas un échec.
aussi écrit : vraies cibles, ciblesCe qui est vrai du patient simulé, et qu'aucun laboratoire réel ne pourrait connaître.
C'est la raison d'être de la simulation : on peut enfin noter la copie. Le pipeline, lui, ne voit que l'observé — sinon la comparaison serait truquée.
aussi écrit : vérité cachée, latent, observévoir aussi : CCF · Vraie cible
Le morceau exact de peptide que les défenses reconnaissent — la fenêtre, pas la mutation.
Une mutation peut produire plusieurs fenêtres de 8 à 11 acides aminés ; une seule sera peut-être reconnue. Le pipeline n'en retient qu'UNE par mutation, et c'est cette séquence-là qui entrerait dans le vaccin. ⚠️ D'où une nuance qui change les chiffres : compter une réussite parce que la bonne mutation est dans le panel, c'est mesurer une étape plus tôt que compter le bon épitope. Les niveaux publiés ici portent sur la mutation.
aussi écrit : épitopesUne règle du casse-tête : au moins une des trois lettres citées doit tomber juste.
aussi écrit : clausesLe nombre de fois où le solveur s'est trompé de chemin et a dû revenir en arrière.
C'est la mesure d'effort la plus honnête : elle ne dépend ni de la vitesse du PC, ni de sa charge du moment, contrairement au temps écoulé.
aussi écrit : conflitCe que la résolution a coûté — en conflits de préférence, pas en secondes.
⚠️ L'effort ne mesure la difficulté que si les instances sont comparables entre elles. Sur certains problèmes du laboratoire, ce n'est pas le cas, et les détecteurs d'effort y sont désactivés : ils y avaient fabriqué des milliers de fausses anomalies.
Un exemplaire de problème, tiré au sort puis résolu et mesuré.
C'est l'unité de base du laboratoire. Chaque instance est scellée dans le registre avec tout ce qu'on a mesuré dessus — elle ne peut plus être modifiée après coup.
aussi écrit : instancesLa question ouverte : vérifier une solution est facile ; la trouver l'est-il aussi ?
Une des grandes questions non résolues des mathématiques. ⚠️ Ce laboratoire ne prétend pas la trancher — il observe des phénomènes qui l'entourent.
aussi écrit : P = NP, NP-complet, NPLe nombre de règles divisé par le nombre de lettres. C'est le bouton de difficulté.
Peu de règles → beaucoup de solutions, facile. Énormément de règles → visiblement impossible, facile aussi. C'est entre les deux que ça devient très dur.
aussi écrit : ratio m/n, ratioLe casse-tête fondateur : cocher vrai ou faux sur des lettres pour contenter toutes les règles.
Une règle dit par exemple « A vrai, OU B faux, OU C vrai ». Il faut UNE façon de cocher qui contente toutes les règles à la fois. Si elle existe, le problème est dit satisfiable.
aussi écrit : 3-SAT, problème SATSe dit d'un casse-tête pour lequel une solution existe.
aussi écrit : insatisfiable, part satisfiableLa valeur autour de laquelle le casse-tête bascule : environ 4,27 règles par lettre.
Valeur théorique admise pour le 3-SAT. Si la courbe mesurée bascule ailleurs, c'est soit une découverte, soit — bien plus probablement — un défaut du protocole.
aussi écrit : 4,267, 4.267, 4,27, seuil théoriqueLe programme qui cherche une solution au casse-tête et dit s'il y arrive.
Dans la recherche génome, le mot désigne par extension la stratégie de choix de cibles.
aussi écrit : solveurs, MiniSat, minisat22Le passage brutal de « presque toujours résoluble » à « presque jamais », comme l'eau qui gèle.
Le basculement ne se fait pas en pente douce : il s'effondre sur une plage étroite. Plus le problème est grand, plus la chute est raide — c'est la signature qu'on cherche à mesurer.
aussi écrit : transitionQuel réglage compte vraiment ? On les fait tous varier ensemble et on répartit le mérite.
Plus honnête que de bouger un réglage à la fois, ce qui rate les effets conjoints.
La méthode qui transforme un paquet de p-valeurs en q-valeurs.
Elle contrôle la part de fausses découvertes parmi celles qu'on garde — plus utile, pour explorer, que d'interdire toute erreur.
aussi écrit : BH, FDR, taux de fausses découvertesvoir aussi : q-valeur
On retire au sort dans ses propres données, des milliers de fois, pour voir ce qui bouge.
Ce qui reste stable d'un tirage à l'autre est solide ; ce qui saute dépendait de quelques individus. ⚠️ Ici on retire toujours des patients, jamais des analyses.
voir aussi : Pseudo-réplication
Mesure si deux grandeurs montent ensemble, en comparant les rangs plutôt que les valeurs.
De −1 (l'une monte quand l'autre descend) à +1. Autour de 0 : aucun lien. ⚠️ Un lien n'est pas une cause.
aussi écrit : Spearman, rhoLa fourchette dans laquelle la vraie valeur se trouve probablement.
⚠️ Deux fourchettes qui se chevauchent largement ne se distinguent pas : annoncer un classement entre elles, c'est ordonner du bruit. La largeur compte autant que le chiffre du milieu.
aussi écrit : IC 95 %, intervalleLe piège : plus on pose de questions, plus on trouve des « résultats » qui n'existent pas.
Le défaut le plus coûteux corrigé dans ce laboratoire. Avant correction, le rêve fabriquait des dizaines de règles à partir de données où il n'y avait rigoureusement rien.
voir aussi : q-valeur · Test par permutation
La probabilité d'observer un écart au moins aussi grand si, en réalité, il n'y avait rien.
Petite = l'écart est difficile à mettre sur le compte du hasard. ⚠️ Elle ne dit pas que l'effet est grand, ni qu'il est important — seulement qu'il est difficile à attribuer au hasard.
aussi écrit : p =Écrire et sceller ce qu'on s'attend à trouver AVANT de regarder les données.
Empêche la relecture arrangeante d'un résultat déjà connu. Les prédictions sont scellées dans la chaîne de hachage : leur date ne peut pas être refaite.
voir aussi : Registre
Compter vingt mesures du même patient comme vingt patients — et croire en savoir vingt fois plus.
Cela rétrécit faussement les fourchettes et fabrique de la certitude qui n'existe pas. Toutes les fourchettes du laboratoire sont tirées sur les patients.
aussi écrit : effet de grappe, ICCUne p-valeur corrigée pour le fait qu'on a posé beaucoup de questions à la fois.
Poser 105 questions à 5 % de risque chacune, c'est s'attendre à ~5 fausses « découvertes » même si rien n'est vrai. La q-valeur rétablit le compte. C'est elle qu'on lit, jamais la p brute.
voir aussi : Benjamini-Hochberg · Multiplicité des tests
Refaire la mesure sur des données neuves, jamais vues, pour voir si le résultat tient.
Le seul vrai verdict. Ici : les comparaisons entre stratégies se répliquent ; les niveaux absolus, non — ils varient de 2 à 3 fois leur fourchette d'une cohorte à l'autre. D'où la règle : on ne cite que des écarts, jamais des niveaux.
aussi écrit : cohorte 2On mélange les étiquettes au hasard et on regarde si le résultat survit. Il ne devrait pas.
Le contrôle le plus honnête : si une « découverte » réapparaît sur des données mélangées, elle ne venait pas des données.
Une instance qui sort de l'ordinaire selon au moins un détecteur.
⚠️ Une anomalie n'est pas une découverte : c'est une question. Beaucoup se révèlent être des défauts du détecteur lui-même — 4 159 ont été écartées pour cette raison.
aussi écrit : anomaliesDes patients fabriqués exprès, dont on a écrit le corrigé avant de poser la question.
C'est le seul montage où l'on peut vérifier si un classement a raison : sur un patient réel, personne ne connaît la liste complète de ses vraies cibles. ⚠️ Son défaut est structurel : la vérité vient du même modèle que celui qu'on teste. Un banc bâti ainsi flatte toujours son modèle — d'où le besoin de données réelles à côté.
aussi écrit : banc d'essaivoir aussi : Cohorte · Vérité terrain
Le cycle automatique : mesurer, comparer, diagnostiquer, corriger, tester, valider, inscrire.
Chaque tour est jugé par rapport au précédent : vertueux, neutre, ou régression. Un tour qui dégrade quelque chose est signalé, pas enterré.
Un lot d'instances lancées ensemble avec les mêmes réglages.
Une campagne peut être marquée invalide après coup si son protocole se révèle fautif ; elle est alors exclue des analyses, sans être effacée.
aussi écrit : campagnesLa suite d'étapes qui va des mutations brutes à une liste de cibles classées.
Lire les variants, en déduire les peptides mutés, écarter ceux qui existent dans le protéome sain, prédire la présentation HLA, puis classer. Chaque étape peut perdre une bonne cible, et le laboratoire mesure où.
aussi écrit : pipelinevoir aussi : Panel · Score composite
Le contrôleur qui recalcule chaque chiffre publié et signale ceux qui ne tiennent plus.
Il attrape les chiffres faux, les fichiers absents, les commandes cassées. ⚠️ Il n'attrape pas une interprétation fausse d'un chiffre juste.
Un groupe de patients simulés, tous fabriqués avec la même recette.
Chaque cohorte est reproductible à l'identique à partir de sa graine. Deux cohortes indépendantes servent à vérifier qu'un résultat ne tenait pas au hasard de la première.
aussi écrit : cohortesCombien de fois la zone désignée par une règle paie plus que la moyenne générale.
Un gain de 2 signifie « deux fois plus ». Sous 1,25, la règle est jetée : trop faible pour mériter qu'on la raconte.
Le regroupement des mesures qui viennent du même individu.
Sans lui, vingt analyses d'un même patient compteraient pour vingt patients.
voir aussi : Pseudo-réplication
La machine à hypothèses : elle cherche les zones où les bizarreries se concentrent.
Elle essaie des milliers de découpages, garde ceux qui paient nettement plus que le fond, puis les soumet à la correction de multiplicité et au test par permutation. Elle a le droit de ressortir les mains vides — et c'est souvent le bon résultat.
aussi écrit : rêve, rêvervoir aussi : Multiplicité des tests · Test par permutation
Un problème branché sur le moteur : SAT, cohorte de patients, robustesse de panel…
Même moteur, même registre, mêmes détecteurs — seul le problème change.
Le carnet du laboratoire : chaque mesure y est un maillon scellé qu'on ne peut plus retoucher.
Chaque maillon porte l'empreinte du précédent (SHA-256). Modifier une vieille ligne casse toute la suite, et ça se voit immédiatement.
aussi écrit : chaîne de hachage, chaîne, maillon, SHA-256Une phrase du genre « quand la pureté dépasse 0,4, ça marche trois fois mieux ».
Elle n'est retenue que si elle paie assez (gain), couvre assez de cas, et survit à la correction. ⚠️ Une règle décrit — elle n'explique pas.
voir aussi : Gain
La stratégie qui combine plusieurs indices au lieu de se fier à un seul.
Affinité, clonalité et expression ensemble. Elle bat le tirage au hasard de 13 à 18 points selon la cohorte, et l'affinité seule de 6 points environ.
voir aussi : Stratégies comparées
Une note de 0 à 100 qui classe les bizarreries, pour ne montrer que le haut de la pile.
Quatre façons de choisir les cibles, mises en concurrence sur les mêmes patients.
composite (tout combiné) · ic50 (l'accrochage seul) · clonalité (la part de tumeur concernée) · aléatoire (le témoin, tiré au sort). Le témoin aléatoire n'est pas décoratif : sans lui, on ne sait pas si une stratégie apporte quelque chose.
aussi écrit : aleatoire, aléatoire, stratégie« Branché ». Ici, une donnée n'est pas branchée parce qu'elle est téléchargée, ni parce qu'un chemin la déclare dans un fichier de configuration : elle l'est quand du code la lit vraiment et qu'un résultat en dépend. Entre les deux il y a tout le travail — et c'est précisément celui qu'on oublie d'avoir à faire quand l'écran affiche déjà « branché ».